1986国家科技进步一等奖。

1993获美国旧金山东华医院荣誉奖和陈家庚医药科学奖。

1994获全军科技重大贡献奖;获全国“侨界十杰”荣誉称号;获何梁何利医学基金奖、何梁何利基金科学与技术进步奖。

1996被中央军委授予“模范医学专家”荣誉称号。

2004荣获全国高等医药教材特殊贡献奖和国际肝胆胰协会杰出成就金奖。

2006荣获2005年度国家最高科技技术奖。

2009全军践行当代革命军人核心价值观十大新闻人物;新中国成立后国防和军队建设作出重大贡献.具有重大影响的百名先进模范人物。

2010军队医学科技重大成果特别贡献奖。

2011经国际天文学联合会小天体命名委员会批准,第17606号行星命名为“吴孟超星”;“感动中国”十大年度人物感动中国人物;获“全国优秀共产党员”荣誉称号。